Limbah yang dihasilkan pabrik gula merupakan limbah yang didominasi oleh bahan organik serta menghasilkan limbah anorganik. Jenis limbah yang dihasilkan pada produksi gula tersebut berupa limbah cair, limbah padat, limbah udara, dan limbah B3 (Bahan Berbahaya dan Beracun).
Limbah pabrik gula padat sendiri memiliki banyak manfaat, di antaranya bisa dijadikan pupuk kompos. Anak perusahaan Holding Perkebunan Nusantara PTPN X (PTPN 10) mengembangkan limbah padat dari hasil yang di produksi Puslit Gula Jengkol untuk membuat pupuk kompos dan sudah dijadikan produk dengan nama Bio N10.
Hasil samping dari limbah padat pabrik gula tersebut menghasilkan abu ketel dan blotong atau dikenal dengan sebutan “filter press mud”. Blotong dapat memperbaiki fisik tanah, khususnya meningkatkan kapasitas menahan air, menurunkan laju pencucian hara dan memperbaiki drainase tanah.
Puslit Gula Jengkol telah mengembangkan dekomposer dengan nama Bio N10 yang digunakan dalam pembuatan bio kompos dan telah memenuhi persyaratan minimum mikroba sesuai dengan Peraturan Menteri Pertanian No. 70/Permentan/SR.140/10/2011 tentang Persyaratan Minimal Pupuk Organik Padat, di mana pupuk bio organik asal blotong dan abu ketel yang telah diperkaya mikroba mencapai > 103 cfu/g dan setara dengan pupuk hayati sebesar >107 cfu/g.
Dekomposer “Bio N10” diproduksi oleh Puslit Gula Jengkol telah terdaftar di Kementerian Pertanian dengan diterbitkannya SK Mentan No. 1495/Kpts/SR.130/4/2012 tanggal 24 April 2012. Dekomposer “Bio N10” telah mempunyai aspek legalitas dalam penggunaan dan peredarannya sebagai biostarter pembuatan kompos. Merek “Bio N10” juga telah terdaftar dan memiliki HAKI di Depkumham dengan No. D00-2001 026343 tanggal 5 Juli 2011.